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肯美于2020年2月正式宣布开始自贸谈判，第一轮磋商于7月9-17日举行。双方在疫情蔓延的情况下坚持谈判，体现了双方不同的需求。为减缓外界争议，肯政府发布了肯美自贸谈判的指导原则、目标和范围，包括遵循WTO规则、允许适用“特殊和差别待遇”、促进经济和贸易发展、尊重肯尼亚在多边（WTO）、非洲大陆自贸协定（AfCFTA）、区域（东非、东南非和非洲三方自贸协议EAC，COMESA，TFTPA）和双边谈判中所作的承诺、肯美自贸协定将确保AGOA（非洲增长机会方案）到期后的市场准入待遇等。双方同意肯美自贸协定谈判将涵盖所有贸易，包括货物、服务、电子贸易、投资、发展合作、TBT/SPS和争端解决机制等。该指导原则中还包括允许任何未参加谈判的东非共同体（EAC）伙伴国参与谈判过程，但要遵守已经达成或加入的自贸协定的条款和条件。
但肯美谈判一直是非洲大陆争议的话题，认为违背了东非共同体坚守的原则，破坏了非洲大陆自贸区的实施以及非洲经济一体化的进程。6月18日，由民间组织、贸易联盟和农户集团组成的东非贸易网络（EATN）发表声明，强烈反对肯美开展自贸谈判，认为东非共同体在一体化进程中已面临重重挑战，目前开展肯美谈判会增加肯尼亚的负担，是不现实的。另外，肯美自贸谈判还将使肯尼亚和本地区面临更多贸易和投资纠纷，投资者-国家争端的仲裁也将弱化国家对人权和环境的执法力度。此外，肯尼亚及东非共同体利益相关者的权益在谈判中没有很好体现，要求肯尼亚和东非地区举行充分磋商后再考虑谈判事宜。
9月11日，联合国贸易和发展会议（UNCTAD）副秘书长穆基萨·基图伊（Mukhisa Kituyi）说，肯尼亚与美国的贸易协定是不平衡的，美国受益更多。
Kituyi在接受《星报》独家采访时说，根据《非洲增长机会法》（AGOA）和普遍优惠制（GSP）安排，肯尼亚2019年出口到美国80%的产品已经享受了零关税待遇，其他产品在最惠国待遇下大部分也都是零关税。美国对肯尼亚产品的平均实施关税为0.1%。而根据WTO统计，2018年肯尼亚的平均实施关税为13.5%，农产品关税更高，平均关税为20.3%，奶制品51.7%，动物制品23.1%，谷物制品22.2%。仅关税谈判一项，肯就会面临极大的降税压力，而且肯还将失去在AGOA安排下享受从第三国进口纺织原料的资格，被迫遵守更为严格的“从纱线开始（yarn forward）”的原产地规则。美国则可以打通肯尼亚的农产品和政府采购市场，进而为下一步打开非洲大陆市场奠定基础。
Kituyi认为，肯尼亚应该努力为美国市场生产更具竞争力的产品，而不是将自己束缚在有条件的自贸协议上。他认为，肯尼亚在谈判桌上的没有进攻利益，也无力防守美国的进攻，反而会给肯尼亚的农业带来外部冲击。他建议肯尼亚应该考虑与非洲大陆其他国家一起与美国续签AGOA，以便获得进入美国市场的优势。他补充说，肯尼亚不应该成为美国政府贸易主导政策的牺牲品。
7月以来，肯尼亚、尼日利亚、乌干达、卢旺达和坦桑尼亚的至少27个贸易游说团体写信给肯尼亚政府，表示反对美肯自由贸易谈判。他们认为，自由贸易协定将扼杀当地产业的发展，并导致该地区廉价美国进口产品的倾销。
布鲁金斯学会（Brookings Institute）表示，美国与肯尼亚达成贸易协定的政治动机比经济意义更重要。
肯尼亚2018年向美国出口了价值5.27亿美元的商品，主要是服装，咖啡和坚果；肯尼亚的进口主要是商用飞机和其他航天器，聚合物和药物。
肯尼亚与美开展自贸谈判的目的之一是确保2025年9月30日AGOA（非洲增长和机会法案）到期后，其市场准入待遇不受影响，但Kituyi认为，肯尼亚根本没有充分利用AGOA的优惠方案，更谈不上今后能从肯美自贸协定中受益。
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